Miharu Rokujô est un lycéen banal, qui vit dans son propre monde mais son corps contient les écrits du Shinrabanshô, la technique ultime des ninjas du monde secret de Nabari. Des guerriers du clan Iga ont juré de rapatrier Miharu dans leur village. A l'école, Miharu est en fait sous la protection de deux ninjas du clan Banten, Kumohira, son professeur d'anglais et Kôichi, un camarade de classe. Pour échapper à ses poursuivants, Miharu doit pénétrer dans le monde caché de Nabari.